13 января 2020 года юристы Института подали жалобу в Конституционный Суд от имени Тверской Церкви. Авторы жалобы указали, что Федеральный закон ставит религиозные организации в неравное положение и чрезмерно ограничивает свободу вероисповедания. Её поддержал Совет по правам человека, направив в марте независимое экспертное заключение в статусе amicus curiae. Конституционный Суд согласился с нашими аргументами.
В
Постановлении от 17 ноября 2020 года № 47-П Суд признал положения указанного закона неконституционными. Нынешняя формулировка не позволяет однозначно решить вопрос о порядке передачи в безвозмездное пользование религиозным организациям имущества, которое было реконструировано и длительное время использовалось для религиозного назначения, и создаёт неопределённость в вопросе о механизме защиты законных интересов религиозной организации после изъятия такого имущества из её пользования. По словам одного из авторов жалобы Ильи Шаблинского: «Конституционный Суд принял взвешенное и справедливое решение, и его аргументы весьма серьёзны. Они в значительной мере совпадают с теми аргументами, которые сформулировал заявитель».
Законодатель обязан устранить неопределённость правового регулирования, а Тверская Церковь получает право на компенсацию. Однако, как указывает старший юрист Института Анита Соболева, с исполнением постановления могут возникнуть проблемы: «У перспективы исполнения слишком много "если", так как законодатель может не захотеть исправить норму в желаемом направлении или может исправить её годы спустя. Суды, в свою очередь, могут установить слишком маленькую компенсацию, которая не решит проблему общины».